Dažniausia priežastis - autoimuniniai procesai, kai organizme pasigaminę antikūnai atakuoja skydliaukės ląsteles. Tokiu atveju priežasties kaip ir nerandama. Skydliaukės uždegima gali sukelti ir jonizuojanti spinduliuotė, toksinai, traumos, kai kurie vaistai.