Pantoprazolio anotacijoje minima, kad labai retais atvejais (t. y. 1 iš 10000 gydytų pacientų) šis vaistas gali sukelti inkstų uždegimą. Šono skausmas, padažnėjęs šlapinimasis yra būdingi inkstų geldelių uždegimui (pielonefritui). Sergant pielonefritu būtinas gydymas gydytojo paskirtais antibiotikais, parinktais pagal antiobiotikogramą pagal šlapimo pasėlio duomenis; taip pat būtina įvykdyti gydytojo reikalavimus paskirto antibiotiko gydymo kursui, kad liga nesikartotų.