Meningokokinė infekcija pavojinga savo komplikacijomis, kurios gali pasireikšti dar ligos metu ar po jos, tačiau tikrai ne kiekvienam persirgusiam. Komplikacijų atsiradimas labai priklauso nuo ligos sunkumo ir nuo gydymo savalaikiškumo. Jei per minėtą laikotarpį neatsirado jokių požymių, belieka tikėtis, kad jų neatsiras ir ateityje. Su buvusia meningokine infekcija neretai siejami galvos skausmai suaugus, smegenų skysčio apytakos sutrikimai ir su tuo susiję simptomai.